Deux autres sites Natura 2000 sont présents sur le territoire du Parc Naturel Régional ou à proximité immédiate. Il s'agit des sites "Vallée de l'Epte", Zone Spéciale de Conservation couvrant la Vallée de l'Epte du côté du département de l'Eure (27) et "Boucles de Moisson, Guernes et forêt de Rosny", Zone de Protection Spéciale chevauchant partiellement le périmètre du site Natura 2000 "Coteaux et Boucles de la Seine".
Ces sites partageant des enjeux et des objectifs de conservation, les animateurs travaillent en collaboration pour mettre en place une gestion cohérente au niveau du territoire.