Le site Natura 2000 "Vallée de l'Epte francilienne et ses affluents" prend en compte non seulement la rivière et ses principaux affluents, mais également les coteaux qui la borde. Il propose ainsi une grande diversité d'habitats naturels, parmi lesquels des milieux aquatiques et humides autour de l'Epte et ses affluents, mais également des milieux boisés et des prairies.
Ce sont ainsi 18 habitats d'intérêt communautaire au niveau européen dont 6 classés prioritaires (*) en raison de leur état de conservation européen défavorable qui ont été recensés par le Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) dans le cadre de la révision du DOCOB:
- 3110 - Eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses
- 3140 - Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
- 3150 - Lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou de l'Hydrocharition
- 3260 - Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion
- 3270 - Rivières avec berges vaseuses avec végétation du Chenopodion rubri p.p. et du Bidention p.p.
- 5130 - Formations à Juniperus communis sur landes ou pelouses calcaires
- 6110* - Pelouses rupicoles calcaires ou basiphiles de l'Alysso-Sedion albi
- 6120* - Pelouses calcaires de sables xériques
- 6210 - Pelouses sèches semi-naturelles et faciès d'embuissonnement sur calcaire
- 6430 - Mégaphorbiaies hygrophiles d'ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin
- 6510 - Prairies maigres de fauche de basse altitude
- 7220* - Sources pétrifiantes avec formation de travertins
- 7230 - Tourbières basses alcalines
- 8160* - Eboulis médio-européens calcaires des étages collinéen à montagnard
- 9130 - Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum
- 9180* - Forêts de pentes, éboulis ou ravins du Tilio-Acerion
- 91E0* - Forêts alluviales à Alnus glutinosa et Fraxinus excelsior
- 91F0 - Forêts mixtes à Quercus robur, Ulmus laevis, Ulmus minor, Fraxinus excelsior ou Fraxinus angustifolia riveraines des grands fleuves
Les liens renvoient sur les fiches détaillées de chaque habitat sur le site de l'Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN).
