Une fois un site désigné au titre de Natura 2000, le préfet désigne par arrêté la composition du Comité de Pilotage, ou COPIL, instance regroupant l'ensemble des acteurs engagés sur le territoire et chargée de suivre la réalisation et la mise en oeuvre du Document d'Objectif (ou DOCOB), plan de gestion du site Natura 2000.