Dans le cadre du réseau Natura 2000, chaque Etat membre a été chargé de réaliser à l'échelle nationale une évaluation scientifique de l'ensemble des habitats et des espèces d'intérêt communautaire (habitats et espèces inscrits dans les directives) afin d'identifier les sites les plus importants pour leur conservation.
En France, c'est le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) qui se charge depuis 1979 de collecter et centraliser le données sur la faune et la flore du territoire auprès des acteurs composant l'ensemble du réseau naturaliste français, à la demande du Ministère chargé de l'environnement.
Sur la base de ces données, deux procédures distinctes de désignation des sites ont été mises en place:
- Dans le cas des habitats et espèces concernés par la directive Habitats, les sites importants, qualifiés de propositions de Sites d'Importance Communautaire (pSIC) sont tout d'abord proposés à la Comission Européenne sous forme d'une liste nationale. Chaque site est évalué pour valider ou non son statut de Site d'Importance Communautaire (SIC). Une fois le statut de SIC établi, l'Etat membre es dans l'obligation de désigner le site correspondant en ZSC.
- Dans le cas des oiseaux concernés par la directive Oiseaux, la procédure est simplifiée, puisque les sites identifiés comme étant d'importance sont directement désignés en ZPS et intégrés au réseau Natura 2000.
Source: Natura 2000 Marais de Seudre, de Brouage et d'Oléron
A l'heure actuelle, le réseau Natura 2000 terrestre français est jugé suffisant, et la désignation de nouveaux sites n'est donc pas à l'ordre du jour. Certains compléments peuvent en revanche être apportés aux sites existants, par modification ou extension de périmètres de sites.