L'Europe ayant laissé aux états membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place un comité de pilotage (COPIL) composé des représentants des organismes agissant sur le site (chambre d'agriculture, DDT, associations, propriétaires forestiers, fédérations...). Le COPIL est chargé de valider un document d'objectifs (DOCOB), qui définit les enjeux et les préconisations de gestion.
Après validation du DOCOB par le préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle, basée sur la signature de contrats ou de chartes avec les particuliers, les collectivités ou les agriculteurs afin de réaliser des actions de gestion des milieux naturels et de favoriser le développement de pratiques favorables à la préservation de la biodiversité.
Actuellement, le réseau français Natura 2000 comprend 1776 sites, soit 12,9 % du territoire.
